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从前，有个小男孩儿叫尼尔斯。他整天调皮捣蛋，大家都不喜欢他。
一天，尼尔斯一个人在家。他用网兜在大衣箱旁边逮住了一个小精灵，还捉弄了一番。小精灵非常生气，临走前施魔法将尼尔斯变成了一个只有拇指大的小人儿！
自从尼尔斯变小之后，不是他去欺负别人了，而是别人来欺负他了。
有一天，他来到以前来过的农场，来到了一只经常被他欺负的小鸡旁边，这一次不是小鸡被他欺负，而是自己被小鸡欺负了。小鸡还以为尼尔斯是一条毛毛虫在那里扭来扭去，就向尼尔斯啄去。尼尔斯见了撒腿就跑，可小鸡还是不放过他，紧追不舍一直跟着尼尔斯，跑着跑着突然到了一个死角，这时尼尔斯想：现在可怎么办啊，进退两难，难道只能等死吗？就在这时，尼尔斯发现旁边有一个草丛便跳了进去，才逃过了一劫。
尼尔斯还以为已经安全了呢！可是前难刚过，后难又来。原来他一不小心跳进了喂食道。他闻了闻，全都是稻草味。突然，眼前一片光明，使尼尔斯睁不开眼，睁开眼的时候一头牛正张开嘴巴准备吃草，说时迟那时快，尼尔斯三步并成两步的跑，左躲右闪，有一次，差一点就入了牛口，尼尔斯使出了吃奶的劲，一个劲得往前跑，结果一不小心，摔了个“狗啃泥。”
尼尔斯终于逃出了困境，伤痕累累，样子非常可怜。突然，小精灵出现了，原来小精灵一直悄悄地跟着他。小精灵看了尼尔斯已经感觉到了被捉弄的滋味了。于是，把他变回了原来的样子。
尼尔斯变回了自己，他和小伙伴们和睦相处，朝夕与共，再也不欺负小动物了，大家都非常喜欢他了。
